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朝都以喇嘛为国师。国师不仅是喇嘛教和西藏地方的领袖，而且也是全国佛教的首脑，因此，元朝是喇嘛教统治着全国佛教，喇嘛僧享有各种政治和经济特权。

元朝虽以藏传佛教为国教，但对汉地佛教、儒教、道教，以及外来的回教、基督教等也不排弃，取包容态度。因汉地佛教与藏传佛教有许多共同点，作为佛教，一般都为帝王所崇尚。元世祖忽必烈就带头崇尚佛教，如1261年建大乾元寺和龙光华严寺；1285年又“发诸卫军六千八百人，给护国寺修道”；1285年，于西京普恩寺集全国僧侣4万众举行资戒会7天；1287年，命西藏僧侣在宫廷和万寿山、五台山等地举行佛事33会，等等。此后几代帝王，也都依世主的范例崇佛，营造大寺院和大规模赐田赐钞成为一种风气，令两宋以来逐渐有所衰退的佛教，又有了新气象。

元朝内地佛教以禅宗为主流。北方有万松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗和海云印简一系的临济宗；南方有云峰高妙、雪岩祖钦、高峰原妙、山峰明本、元叟行端等所传的临济宗。

元朝华严宗仍然主要传播于五台山。仲华文才为五台山佑国寺住持，弟子有五台山晋宁寺的大林了性等，有一定的影响。

天台宗在杭州、天台一带继续传播。活动于杭州的湛堂性澄，在英宗至治二年（公元1321年）应召入京校大藏经，其弟子玉岗蒙润住杭州下天竺寺，著有《天台四教仪集注》，是天台宗的普及性著作。性澄弟子绝宗善继住天台山，晚年专修净土。

（三）明朝佛教概况

明太祖朱元璋17岁在濠州（今安徽凤阳）皇觉寺出家，25岁投白莲教郭子兴部下，加入打着佛教旗号的农民起义行列。因他目睹了元代崇尚喇嘛教产生的许多流弊，加之他对佛教内幕及其与社会政治的关系有所了解，尤其他有参与白莲教起义的经历，所以，即位后即对佛教采取既利用又整顿政策（着重是控制发展、强化管理）。因此，明王朝建立之初，便推崇理学，强化理学专制思想统治。

朱元璋对佛教强化管理的目的，在于切断佛教与民众的组织联系，防止惑众滋事，以至成为造反起义的手段。洪武十五年（公元1382年）颁诏，把寺院分为三类，即禅、讲、教等，要求寺院僧众必须分别专业。“禅”指禅宗；“讲”指华严、天台、法相诸宗；“教”是取代以前的律寺，从事瑜伽显密法事仪式，举办为死者追善供养，为生者祈祷求福等活动。并对僧侣的服饰颜色也作规定，不得混穿。又诏令禁止寺田买卖，在济经上加强对寺院的管制；同时又废除了喇嘛教在内地的特权。

明成祖朱棣对佛教却有所偏护，永乐十八年（公元1420年），亲自为《法华经》作序，颂扬佛教功绩；又亲撰《神僧传》，树立僧人形象。他对西藏喇嘛教特别重视，永乐年间（公元1403年—1424年），受封的藏族喇嘛有五王、二法王、二西天佛子、九大灌顶国师、十八灌顶国师等。但明成祖对内地的统治依然以儒家思想为指导。

总之，明王朝的佛教政策，由前两代奠基，此后没有多大变化，但时有小波动。据《大明会典》统计，成化十七年前，京城内外的官立寺院多至639所；成化十二年度僧10万，成化二十二年又度僧20万，至此全国约有僧众50万。

从总体上看，明朝佛教仍然以禅宗和净土宗为最流行，但思想理论上少有创新。自元代强调教禅一致、禅净合一，鼓励禅僧念佛发愿往生净土。至明初，禅宗有楚石梵琦被誉为“本朝第一宗师”