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层、巩固中央统治的手段。《大清律例》规定，不许私建或增置寺院，不许私度僧尼，严格执行出家条件，严厉制裁淫乱僧尼等等。但清代帝王对佛教表示好感的君主也不少。

例如清世祖顺治帝，在宠妃董氏死后，就曾考虑过弃位出家。康熙帝六下江南，凡至名山大寺，往往书赐匾额。雍正帝对禅颇有研究，自号“圆明居士”，曾辑《御选语录》19卷。乾隆帝曾组织人力将汉文大藏经译成满文。他说翻译满文经藏的目的，不在于要人们懂得佛教的哲理，而是使他们“皆知尊君亲上，去恶从善”——这个态度代表了清代各帝的共同意向。

自明末政治腐败，士大夫多趋于背离道学而向佛的倾向。至明亡，抗清复明有识之士，大多归于佛教，如戒显、澹归、药地、蘖庵、担当、大错，以及明宗室八大山人、石涛等，均出家为僧；未出家的，也借佛教义理阐发自己思想，其中较为突出的有方以智、黄宗羲等。

清代内地佛教主要是禅宗和净土宗。而清初时禅宗比较活跃，其间临济宗分出天童系和盘山系，曹洞宗分出寿昌系和云门系，由此形成清代禅宗的基本格局。清初以后，禅宗的地位逐渐被净土宗所取代，这跟雍正帝提倡“禅净合一，念佛净土”有一定的关系。其后，乾隆帝便大力扶植士大夫学佛运动，使念佛净土在社会深入推广，在家学佛居士辈出。

在清代僧侣中宣扬净土最得力的有行策、省庵、瑞安、印光等大师。行策师著《起一心精进念佛七期规定》，是为近代“打念佛七”之始；印光师则是近代净土宗的主要代表。在家居士较为著名的有周梦颜、彭绍升、杨文会等，他们都是以净土为学佛之归趣。其中周梦颜著有《西归直指》、《欲海回狂》，提倡净土念佛，以求人生解脱；彭绍升撰有《行居集》、《二林居集》、《居士传》等念佛净土方面著作多种。

清初，据《大清会典》统计，全国官建大寺6073处，小寺6409所；私建大寺8458处，小寺58682所；有僧110292人，尼8615人。其后，大小寺院及僧尼均有所发展。至晚清，情况就不同了，随着国力衰弱寺院荒废日甚，加之战火破坏，佛教已经处于全国衰退阶段。

晚清，殖民主义的侵略正唤起民族的觉悟，一批先进文士依持佛教的义理，发出了“天地人所造，众人自造，非圣人所造”的呐喊。龚时珍、康有为、谭嗣同、梁启超等，极力宣传悲天悯人的忧国忧民思想，激发民众团结奋进的宗教热情。与之相适应的居士教佛，对于佛典的搜集整理和义理的探究也有新的发展。刻印佛经蔚然成风，其时就有郑学川在苏州、常州、杭州等地开设刻经处；杨文会捐出私宅，在金陵创办“金陵刻经处”等。

杨文会不仅刻经流通，光绪二十一年（公元1894年），在上海会晤来自斯里兰卡的达摩波罗时，受其“印度摩诃菩提会”发起的复兴佛教运动启发影响，便着手在中国实施振兴佛教计划，包括编纂佛教教材、创办佛教学校、开办佛学研究会、搜集和刻印佛经等，影响巨大。随其学者，欧阳竟无居士创建“支那内学院”，发展佛教义学，以法相唯识影响着当时的思想界；太虚大师与陈元白、章太炎等居士创立“菩提觉社”，成为中国佛教复兴运动的主力军。

在清代王朝的扶植下，喇嘛教在全国，尤其在蒙、藏和北方地区有相当大的发展。清王朝扶植喇嘛教是出于“除逆抚顺，绥众兴教”的目的，支持藏地佛教是他们整个统治政策的组成部分。